Bei der Amtsarztüberprüfung wird das Fachwissen des Prüflings durch eine mündliche Überprüfung abgenommen. Der Amtsarzt des jeweiligen Gesundheitsamtes und meistens einer/einem Psycholog/in und einem/einer Heilpraktiker/in bilden die Prüfungskommision. Diese mündliche Überprüfung kann eine halbe Stunde bis eine Stunde dauern.

Es werden Fragen zu psychiatrischen Fällen und Kriseninterventionen gestellt. Der Prüfling sollte sich mit den wichtigsten psychischen, psychiatrischen und neurologischen Störungen auskennen und zum Beispiel wissen, wie er mit der Suizidalität eines Klienten umgeht.

Die Prüfungskommision möchte durch die Überprüfung feststellen, dass der Prüfling "keine Gefahr für die Volksgesundheit darstellt", wie es im Gesetzestext heißt. Das bedeutet, dass vor allem geprüft wird, was der Heilpraktiker für Psychotherapie nicht darf, wie zum Beispiel organische Erkrankungen behandeln oder Medikamente verordnen.